Fu fondata nel 1176 e completata nel 1348 dagli Umiliati, un ordine religioso formato da monaci, monache e laici che, attorno all’attuale chiesa, conducevano vita di preghiera e di lavoro, in particolare fabbricando panni di lana e coltivando i campi con sistemi di lavorazione assolutamente innovativi. Dopo la soppressione degli Umiliati ad opera di Carlo Borromeo, l’abbazia passò ai Benedettini Olivetani, successivamente soppressi dal governo austriaco e costretti ad abbandonare l’abbazia.
Nel 1940 il cardinale Ildefonso Schuster, dopo anni di abbandono, ha offerto l’abbazia a una comunità di religiose guidata da Margherita Marchi, separatasi dalla congregazione delle Benedettine di Priscilla. Il monastero sui iuris delle benedettine di Viboldone fu canonicamente eretto il 1º maggio 1941: le monache si dedicano alla produzione di confetture e, dal 1945, svolgono un’importante attività di editoria religiosa e teologica, oltre agli impegni di natura più strettamente monastica.
Nel 1965 Paolo VI ordinò che vi fosse trasferito l’abate di Montserrat, Aureli Maria Escare, per sottrarlo alla persecuzione franchista.
Per molti anni, cappellano della comunità delle benedettine è stato Luisito Bianchi (1927-2012).